Müze şehrin tam ortasında, kentin dört kapısına ulaşan yolların kesiştiği noktada yer almaktadır. İlk olarak M.S. VII. yüzyılda Romalılar tarafından inşa edilen Gimnasium üzerine Bizans Döneminde Bazilika olarak inşa edilmiş olan Ayasofya Müzesi, çeşitli hasar ve onarımlar nedeniyle bugüne kadar büyük bir değişime uğramıştır. XI. yüz yıldaki depremden sonra yenilenmiştir. Üç sahınlıdır. Orhan Gazi tarafından 1331 yılında camiye dönüştürülen yapı, Kanuni döneminde Mimar Sinan tarafından yapılan büyük değişikliklerle yenilenmiştir. 1935 ve 1953 yılında gerçekleştirilen onarım sırasında, renkli taşlardan taban mozaikleri ve Sythronon'u ortaya çıkartılmıştır. Apsisin yanındaki odaların içinde freskolar vardır. M.S. 787 yılında (24 Eylül–23 Ekim) VII. Ekümenik Konsil bu binada toplanmıştır.Geçmiş senelerde restorasyon çalışmaları yapılmış ve günümüzde ise müze olarak hizmet vermektedir.

Fotoğraflar İçin Tıklayınız...

Hipoje, Elbeyli kasabasının Hesbekli mevkiinde M.S. IV-V. yüzyılda yapıldığı anlaşılan benzersiz bir yeraltı mezar odasıdır. Üzeri bir tonozla örtülüdür. Tavan ve duvarları bitkisel ve geometrik motifler ile hayvan figürlerinden oluşan fresklerle dekorludur. Fresk tekniğinde yapılmış Bizans resim sanatının en güzel anıtsal örneklerinden biri olup, Hıristiyan dini motiflerinin sembolik bir anlayış ile betimlenmesi bakımından önemli bir eserdir. Hipojeyi ölümsüzleştiren iç duvar yüzlerinin ve tonozun çok renkli fresklerle kaplı olmasıdır. Çeşitli renklerdeki tabii boyaların kullanıldığı freskler yapıldığı günün canlılığını korumaktadır.

Doğu yönünden kente gelen ve Lefke Kapı'nın dışında biten suyolları, M.S. VI. yüzyılda (527–565 yılları arasında) İmparator Jüstinien tarafından yaptırılmıştır. Su kemerleri antik dönemden yakın geçmişe kadar kentin su ihtiyacını karşılamaktaydı. Havuz Başı-Lefke Kapı arasındaki suyolu günümüzde de ayaktadır.

Yeni Mahalle'de Koimesis Kilisesi’nin hemen doğusunda bir bahçe içerisindedir. M.S. VI. yüzyılda inşa edilmiştir. İçine 11 basamaklı merdiven ile inilerek ulaşılan bir oda halindeki vaftizhane, dairevi planlı ve bir kubbeli bir yapıdır. Ortasında (merkezinde) kare şeklinde mermer taşlar ile çevrili bir vaftiz teknesi (havuz) yer alır. Vaftiz havuzunun çevresinde İbranice ve Grekçe yazılar mevcuttur.

Yeni Mahalle, Mustafa Kemal Paşa Sokak'ta bulunan Koimesis Kilisesi VIII. yüzyılda (750 tarihinde) Piskopos Hyakinthos tarafından İnşa ettirilmiştir. Hyakinthos Manastırı olarak da biliniyordu. Üzeri büyük bir kubbe ile örtülü olan kilisenin apsis yarım kubbesi ile bazı tonozlarını mozaikler süslüyordu. Apsis yarım kubbesinde altın zemin üzerinde kucağında Hz. İsa olan bir Meryem mozaiği, iki yanında İse imparator elbiseleri ile giyimli dört baş melek tasviri yer alıyordu. İçeride ayrıca dört İncil yazarını, kitaplarını hazırlar vaziyette gösteren dört mozaik daha dikkati çekiyordu. Bunlardan başka geç döneme ait ikonalar ve yağlı boya tablolar da vardı. Bu modern resimlerden birinde 325 yılı konsili tasvir edilmiştir. Kilise 1922 yılında Kurtuluş Savaşı sırasında tamamen yıkılmıştır.

Yenişehir Kapıya giderken Atatürk Caddesinde sağ taraftadır. XI. yüzyıldan sonra (1255–1256) İznik Hükümdarı II. Thedoros Lascaris'in bir felsefe okulu ile birlikte yaptırdığı kilise, şu anda kalıntı haldedir. Plandan büyük bir kubbe ile örtülü olduğu ve tabanının çok süslü mozaiklerle kaplandığı anlaşılmıştır.

İstanbul Kapıya giden caddenin sol tarafındadır. Birkaç duvar ve döşeme mozaiklerinden parçalar bulunmuştur. Dört sütunlu, kapalı haç planlı bir kilisedir. Duvar tekniği ve planı kilisenin X-XII. yüzyıllarda yaptırılmış bir Bizans eseri olduğunu göstermektedir. Agalma Manastırı'na ait bir kilise olduğu da öne sürülmektedir.